flashを表示するためのjavascriptライブラリで有名なswfobject.jsというのがあって、僕もよく使ってたんですけど、これってFirefoxで使用すると出力されるHTMLってembed要素なんですね。知らなかった。（他のブラウザでは未確認）

Firebugでソースを確認

embed要素はXHTML1.0で定義されてない要素です。仕様書を見ると、javascriptでDOM操作後もvalidでないといけないことになっています。

HTML文書は、どのSCRIPT要素の処理前も処理後も、HTML DTDに適合するよう制約される。

んで、探したらvalidなHTMLを出力してくれるライブラリを見つけました。

cyano: 2006年4月のActiveXパッチがあたったIEでFlashなどを従来通り表示させるためのJavaScript（Flashのバージョン検出機能付き）

このライブラリを使えばFirefoxでもobject要素で出力してくれるのでHTMLソースはvalidに保たれます。今後はこっちを使っていこうかと検討中です。

ちなみにjavascriptでDOM操作された後のソースもvalidじゃないといけないとなると、google adsenceとかもダメということになります。人それぞれの考え方もあるでしょうが、僕は自分がやれる範囲で正しいソースを書けばいいかな思ってます。